高分综述丨Nature子刊(IF！ 30。96)！ 宏基因组学增援的微生物监测？ 世卫构制对环球COVID-19应对门径的审查分明地外了解更好的邦际监测和讯息共享的厉重性，此中专家组倡议实行环节的转型改良，以正在各方完整透后的根本上设置一个新的环球监测编制核酸提取或纯化试剂，应用最前辈的数字东西相连天下各地的讯息核心，囊括动物和情况健壮监测。 从COVID-19大风行中汲取的教训囊括降低对恐怕影响人类健壮的人畜共患病和新发流行症的明白。固然新显露的病毒目前备受眷注，但咱们不行忘却因为细菌病原体的抗菌素耐药性以及病媒撒布、食源性和水撒布疾病变成的不断上升的发病率和陨命率。生齿伸长、地球变动、邦际观光和医疗旅逛都是导致流行症暴发频率填补的理由。所以，监测至合厉重，但微生物病原体的众样性，加上资源蚁集型设施，弱小了咱们伸张此类事务的才具。采用易于应用并可以同时精准识别众种微生物(病毒、细菌或真菌)的革新本领关于做出明智的大家卫生决定是须要的。基于宏基因组学的监测设施为厘正对已知梵衲未显露的病原体的检测供应了时机。 病原体监测战略的方向各不雷同，从确定物种和菌株到检测抗生素耐药基因或质粒。从这个角度来看，咱们眷注宏基因组学正在刷新大家卫生决定病原体监测方面的利用潜力。这与临床诊断的宏基因组学分歧，后者的要紧目标是为了临床管制，确定个人(或众个)样本中是否存正在致病病原体。大家卫生病原体监测平日正在病院、清水厂和农场实行，并十分利用于被以为恐怕是危急疾病根源的地方。大家卫生病原体监测的总体方向是监测已知梵衲未显露的病原体，激动早期危急缓解计划，以包庇人类和动物健壮。 现有的大家卫生病原体监测设施囊括基于归纳征的传染变乱监测、对特定病原体(比方耐甲氧西林金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus)的主动监测以及基于实践室的监测。大无数以实践室为根本的监测事务偏重于监测临床联系特质，如培营养离株中的抗菌素耐药性(AMR)和致病血清型。其它，病院的特定房间或病房，比方加强看护病房，往往应用基于提拔的设施对预先确定的病原体清单实行考察。若是正在疫情考察中涉及到情况污染物的风行病知识题，则倡议对氛围、水和外外实行有针对性的采样，以确定潜正在根源。从疫情考察中提拔的折柳株平日采用百般分型计划(如众位点序列分型(MLST))，以确定疾病撒布。所以，需求百般各样的实践室本领、修立、试剂和联系的专业才能来对病院中已知的人类病原体子集实行监测。社区病原体监测要紧正在病院、清水厂和农场实行，并应用众种战略。 大家卫生和定点实践室通过列入疾病传达原装核酸纯化试剂、监测已知人类病原体和检测患者样本中的病原体来增援流行症监测和疫情考察(外1)。除了通过提拔和分子检测实行病原体判断外，监测还可囊括应用分歧的说明设施实行菌株分型DB旗舰核酸提取或纯化试剂原装核酸纯化试剂，比方脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis)的血清分型、金黄色葡萄球菌的MLST和抗生素耐药性检测原装核酸纯化试剂。古板的监测计划平日需求普及的实践室才具和说明(图1)DB旗舰贝克曼试剂盒核酸提取试剂，，这使得正在地方或邦度层面整合讯息具有离间性，更不必说正在环球领域内，只管试图尺度化流程(如WHO/CDS/CSR/ISR/99。2)。其它，血清分型等本领需求对活的细菌提拔物实行操作，此中少许会变成实践室得回性传染(LAI)的巨大危急，比方脑膜炎奈瑟菌或伤寒和尚氏菌(Salmonella enterica)血清型原装核酸纯化试剂。应用全基因组测序(WGS)对细菌、病毒以及正在必然水准上对真菌实行检测正正在得回越来越众的眷注，但尚未成为大无数定点实践室的尺度。固然WGS相当适合这一目标，但前期资源和人力本钱条件不停是采用该系统的报复，十分是正在低收入和中等收入邦度。 古板的食物微生物安详监测依赖于危急评估以及随后有针对性地检测食物中的病原体和卫生或安详指示生物。从繁复的食品基质中富集和采取特定物种需求众种提拔设施(外1)。对食源性AMR的监测基于对选定的食源性致病菌的敏锐性测试。关于饮用水，微生物污染的监测也同样基于危急评估。固然普及采用了对指示性细菌生物(比方大肠杆菌)的监测，但对水撒布病毒和原敏捷物病原体的监测并未获得相似处置。自2010年代初以还，WGS也已正在高收入邦度有用部。
